GOÄNeuKompass
3. Genomnachweis von Krankheitserregern (Bakterien, Parasiten, Pilze, Viren)
1. Probenaufbereitung
DNA- und/oder RNA-Isolierung, Krankheitserreger-Genom/Transkriptom
(Potenziell) infiziertes Probenmaterial (z.B. Vollblut [antikoaguliert, möglichst EDTA), Serum, Plasma, Sputum, Liquor, Stuhl, Urin, Abstriche); z. B. manuelle Isolierungssysteme (ggf. einschließlich mechanische Gewebeaufbereitung [z.B. Dismembrator], Wasch-, Zentrifugations- und Elutionsschritte), teil- oder vollautomatisierte Isolierungssysteme.
RNA-Transkription, Krankheitserreger-Genom/Transkriptom, eigenständiger Ansatz
Isolierte RNA; reverse Transkriptase, Primer (Transkriptionsprodukt: cDNA).
Verdau (Spaltung) von Nukleinsäuren, Krankheitserreger-Genom/Transkriptom, je Enzym
Isolierte, ggf. amplifizierte Nukleinsäure; Verdau (Restriktionsenzyme).
2. Amplifikation
Multiplex-Polymerasekettenreaktion (Multiplex-PCR), insgesamt pro Erregerspektrum I
Isolierte Nukleinsäureprobe: z. B. homogene Mehrkanal-Real-Time-PCR, konventionelle PCR, bis zu 15 Genus- und/oder Spezies-spezifische Detektionen (z.B. spezifische Primersysteme, multiplexe Sondensysteme); Auswertung: apparativ-qualitativ und/oder -quantitativ, ggf. einschließlich Schmelzkurvenanalysen.
Multiplex-Polymerasekettenreaktion (Multiplex-PCR), insgesamt pro Erregerspektrum II
Isolierte Nukleinsäureprobe: z. B. homogene Mehrkanal-Real-Time-PCR, konventionelle PCR, mindestens 16 Genus- und/oder Spezies-spezifische Detektionen (z.B. spezifische Primersysteme, multiplexe Sondensysteme); Auswertung: apparativ-qualitativ und/oder -quantitativ, ggf. einschließlich Schmelzkurvenanalysen.
Polymerasekettenreaktion (PCR), als Einzelansatz (ein Primerpaar), je Krankheitserreger-Genom
Isolierte Nukleinsäure; Zielsequenz-Amplifikationsverfahren (konventionelle PCR).
Polymerasekettenreaktion, geschachtelt (nested PCR), je Krankheitserreger-Genom
Isolierte Nukleinsäure; erstes Primerpaar, erste PCR, zweites Primerpaar (Zielsequenz innerhalb des Amplifikats aus erster PCR), zweite PCR (der ersten PCR nachfolgend).
Real-Time-Polymerasekettenreaktion (homogene PCR), je Krankheitserreger-Genom
Isolierte Nukleinsäure; Zielsequenz-Amplifikation (spezifische Primer, Sonden, Reporter-Fluoreszenz); Auswertung: apparativ-qualitativ, apparativ-quantitativ (systemspezifische Software).
Spezielle Nukleinsäure-Amplifikationsverfahren, je Verfahren und Krankheitserreger-Genom
Isolierte Nukleinsäure; z. B. Ein-Schritt-Reverse-Transkriptase-PCR (One-Step-RT-PCR), Transcriptional-Mediated-Amplification [TMA], Nucleic-Acid-Sequence-Based-Amplification [NASBA], Strand-Displacement-Assay [SDA]; z.B. Sonden-Amplifikationsverfahren (z. B. Ligase-Kettenreaktion [LCR]); z.B. homogene PCR-Hybridisierungs-Testsysteme (z. B. PCR-ELISA, HyBeacon-Technologie), komplexe Signalamplifikation (z. B. branched DNA-Verfahren); ggf. einschließlich abschließende apparative Detektion; Auswertung: systemspezifische Software.
3. Elektrophorese, Hybridisierung, Sequenzierung
Elektrophorese/Detektion von Nukleinsäurefragmenten, Krankheitserreger-Genom, je Probe
z.B. amplifizierte, ggf. verdaute Nukleinsäureprobe; elektrophoretische Trennung (z. B. [Pulsfeld-] Gelelektrophorese, ggf. einschließlich Größenbestimmung [DNA-Leiter]); Detektion: Färbung (z. B. Fluoreszenzfarbstoff); Auswertung: z. B. Banden-basierter visueller Mustervergleich, Imager.
Hepatitis-B-Virus-Genomuntersuchung, reverse Hybridisierung, je Ansatz
Bestimmung des Genotyps und/oder Identifizierung von Mutanten und/oder Resistenztestung; z.B. hoch gereinigtes, markiertes (z.B. Biotin) PCR-Produkt (Amplifikat); immobilisierte Sonden (Membranstreifen), Hybridisierung; Detektion: z.B. chromogenes Substrat; Auswertung: z. B. Banden-basierter visueller Mustervergleich, Imager.
Hepatitis-C-Virus-Genomuntersuchung, reverse Hybridisierung, je Ansatz
Bestimmung des Genotyps und/oder Identifizierung von Mutanten und/oder Resistenztestung; z. B. hoch gereinigtes, markiertes (z.B. Biotin) PCR-Produkt (Amplifikat); immobilisierte Sonden (Membranstreifen), Hybridisierung; Detektion: z. B. chromogenes Substrat; Auswertung: z. B. Banden-basierter visueller Mustervergleich, Imager.
Hoch-Durchsatz-Sequenzierung, je Krankheitserreger-Genom
Genomweite Suche nach Virulenzfaktoren und/oder Resistenzgenen einschließlich Probenaufbereitung: z.B. DNA- und/oder RNA-Isolierung, ggf. RNA-Transkription, DNA-Fragmentierung, DNA-Anreicherung (z. B. [Multiplex-]PCR, Sonden-Hybridisierung); systemspezifische Hochdurchsatz-Sequenzierung; Detektion: apparativ (z. B. Laserscanner); Auswertung: systemspezifische Software.
Humane Papillomviren-Genomuntersuchung, reverse Hybridisierung, je Ansatz
Bestimmung des Genotyps und/oder Identifizierung von Mutanten und/oder Resistenztestung; z.B. hoch gereinigtes, markiertes (z.B. Biotin) PCR-Produkt (Amplifikat); immobilisierte Sonden (Membranstreifen), Hybridisierung; Detektion: z. B. chromogenes Substrat, Auswertung: z. B. Banden-basierter visueller Mustervergleich, Imager.
Humanes Immundefizienz-Virus oder Hepatitis-B-Virus oder Hepatitis-C-Virus, Sequenzierung Resistenz-assoziierte Mutationen, je Therapie-relevante Genregion
Suche nach Resistenz-assoziierten Mutationen, einschließlich Probenaufbereitung; Sequenzierung, automatisiert (z. B. Kettenabbruchverfahren, Pyrosequenzierung); Detektion: apparativ (z. B. Kapillar-Elektrophorese: CCD-Kamera; Auswertung: systemspezifische Software.
Humanes-Immundefizienz-Virus-Genomuntersuchung, reverse Hybridisierung, je Ansatz
Bestimmung des Genotyps und/oder Identifizierung von Mutanten und/oder Resistenztestung; z.B. hoch gereinigtes, markiertes (z.B. Biotin) PCR-Produkt (Amplifikat); immobilisierte Sonden (Membranstreifen), Hybridisierung; Detektion: z. B. chromogenes Substrat; Auswertung: z. B. Banden-basierter visueller Mustervergleich, Imager.
Hybridisierung, reverse, je Ansatz
z.B. amplifizierte Nukleinsäure; mindestens drei immobilisierte Erreger-spezifische Sonden, Hybridisierung (z. B. Line-Probe-Assay, DNA-Strip-Technologie); Detektion: z.B. chromogenes Substrat; Auswertung: z.B. Banden-basierter visueller Mustervergleich, Imager, Densitometer, Luminometer.
Hybridisierung/Detektion (Identifizierung) von Nukleinsäurefragmenten, je Erreger-spezifische Sonde
z.B. hoch gereinigtes, immobilisiertes PCR-Produkt (Amplifikat); markierte (z. B. chromogenes Substrat, Farbstoff) Sonde, Hybridisierung; Auswertung: z.B. Banden-basierter visueller Mustervergleich, Imager, Densitometer, Luminometer.
Hybridisierung/DNA-Sondentest, je Erreger-spezifische Sonde
Isolierte Nukleinsäure (z. B. lysierte Bakterienkultur); markierte (z. B. Acridinester) Erreger-spezifische DNA-Sonde, z.B. Flüssigphasen-Hybridisierung (z.B. Hybridization-Protection-Assay [HPA]; Auswertung: apparativ-qualitativ (Luminometer).
Mycobacterium-Genomuntersuchung, reverse Hybridisierung, je Ansatz
Bestimmung des Genotyps und/oder Identifizierung von Mutanten und/oder Resistenztestung; z.B. hoch gereinigtes, markiertes (z.B. Biotin) PCR-Produkt (Amplifikat); immobilisierte Sonden (Membranstreifen), Hybridisierung; Detektion: z. B. chromogenes Substrat; Auswertung: z. B. Banden-basierter visueller Mustervergleich, Imager.
RNA-DNA-Hybridisierung, qualitativ, je Erreger
Isolierte Nukleinsäure; Erreger-spezifische RNA-Sonde, Signal-Amplifikation (z. B. Hybrid-Capture-Verfahren); Auswertung: qualitativ (z. B. Luminometer).
RNA-DNA-Hybridisierung, quantitativ, je Erreger
Isolierte Nukleinsäure; Erreger-spezifische RNA-Sonde, Signal-Amplifikation (z.B. Hybrid-Capture-Verfahren); Auswertung: quantitativ (z. B. Luminometer).
Sequenzierung, Erregeridentifikation, je Erreger
Suche nach Erreger-spezifischer Sequenz, einschließlich Probenaufbereitung, einschließlich Amplifikation (z.B. PCR); Sequenzierung, automatisiert (z.B. Kettenabbruchverfahren, Pyrosequenzierung); Detektion: apparativ (z.B. Kapillar-Elektrophorese: CCD-Kamera); Auswertung: Systemspezifische Software.
Sequenzierung, Resistenz-assoziierte Mutationen, je therapierelevante Genregion
Suche nach Resistenz-assoziierten Mutationen, einschließlich Probenaufbereitung, einschließlich Amplifikation (z. B. PCR); Sequenzierung, automatisiert (z.B. Kettenabbruchverfahren, Pyrosequenzierung); Detektion: apparativ (z.B. Kapillar-Elektrophorese: CCD-Kamera); Auswertung: Systemspezifische Software.
4. Gentechnik-basierte zertifizierte Testkits
Chlamydia trachomatis
Erregernachweis; z.B. Abstrich (z. B. Harnröhre, Zervix), Urin, einschließlich Nukleinsäure-Isolierung; Amplifikation, Detektion und Auswertung: testspezifisch.
Cytomegalovirus (CMV), qualitativ
Erregernachweis; z. B. Vollblut (antikoaguliert, möglichst EDTA), Liquor, Urin, Muttermilch, Fruchtwasser, einschließlich Nukleinsäure-Isolierung; Amplifikation, Detektion und Auswertung: testspezifisch.
Cytomegalovirus (CMV), quantitativ
Erregernachweis; z.B. Vollblut (antikoaguliert, möglichst EDTA), Liquor, Urin, Muttermilch, Fruchtwasser, einschließlich Nukleinsäure-Isolierung; Amplifikation, Detektion und Auswertung: testspezifisch.
Enterovirus
Erregernachweis, Genus-spezifisch; z.B. Abstrich (z. B. Rachen, Anus), Stuhl, Liquor, einschließlich Nukleinsäure-Isolierung; Amplifikation, Detektion und Auswertung: testspezifisch.
Neisseria gonorrhoeae
Erregernachweis; z.B. Abstrich (z. B. Urethra, Zervix, Anus), einschließlich Nukleinsäure-Isolierung; Amplifikation, Detektion und Auswertung: testspezifisch.
Streptococcus agalactiae
Erregernachweis; z.B. Genitalabstrich (z. B. GBS-Screening), einschließlich Nukleinsäure-Isolierung; Amplifikation, Detektion und Auswertung: testspezifisch.
Hepatitis-B-Virus, quantitativ
Erregernachweis; z.B. Vollblut (antikoaguliert, möglichst EDTA), einschließlich Nukleinsäure-Isolierung; Amplifikation, Detektion und Auswertung: testspezifisch.
Hepatitis-C-Virus, qualitativ
Erregernachweis (z. B. Ausschlussdiagnostik); z.B. Vollblut (antikoaguliert, möglichst EDTA), einschließlich Nukleinsäure-Isolierung; Amplifikation, Detektion und Auswertung: testspezifisch.
Hepatitis-C-Virus, quantitativ
Erregernachweis (z. B. Therapiesteuerung); z.B. Vollblut (antikoaguliert, möglichst EDTA), einschließlich Nukleinsäure-Isolierung; Amplifikation, Detektion und Auswertung: testspezifisch.
Humanes Immundefizienz-Virus Typ-1, quantitativ
Erregernachweis; z.B. Vollblut (antikoaguliert, möglichst EDTA), einschließlich Nukleinsäure-Isolierung; Amplifikation, Detektion und Auswertung: testspezifisch.
Multiresistenter Staphylococcus aureus (MRSA)
Erregernachweis; z.B. Wundabstrich, einschließlich Nukleinsäure-Isolierung; Amplifikation, Detektion und Auswertung: testspezifisch.
Mycobacterium tuberculosis
Erregernachweis; z. B. Sputum, Bronchialsekret, bronchoalveoläre Lavageflüssigkeit, einschließlich Nukleinsäure-Isolierung; Amplifikation, Detektion und Auswertung: testspezifisch.
Coronavirus
Erregernachweis, Spezies-spezifisch (z. B. SARS-CoV-2[-Virus]): z. B. Rachenabstrich, Bronchialsekret, einschließlich Nukleinsäure-Isolierung; Amplifikation, Detektion und Auswertung: testspezifisch.
